Dalam perjalanan waktu, di tahun 2004, ada beberapa regulasi yang berubah. Yang pertama, pendirian Akta Nomor 05 tahun 2003, saat itu Undang-undang pemerintahan daerah yang berlaku adalah Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah.
Regulasi yang kedua adalah perubahan terhadap undang-undang yayasan dari Undan-Undang Nomor 16 Tahun 2001 ke Undang-Undang Nomor 28 Tahun 2004. Lalu kemudian yang berikut adalah Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah yang menggantikan Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintah Daerah.
Konsekuensi dari perubahan terhadap kedua undang-undang ini, kata Alfridus Aeng, pertama, undang-undang tentang yayasan dimana ketika didirikan dengan sebutan Lembaga Pendidikan Tinggi Nusa Nipa, harus disesuaikan dengan undang-undang yang baru tentang yayasan, maka dilakukanlah perubahan terhadap Akta Nomor 05 Tahun 2003 menjadi Akta Nomor 21 Tahun 2004.
[13/3 08.53] FHN Wyliam Ch: Akta sebelumnya yang menyebutkan Lembaga Pendidikan Tinggi Nusa Nipa, berubah menjadi Yayasan Pendidikan Tinggi Nusa Nipa.
Perubahan ini untuk menyesuaikan dengan regulasi yang berlaku saat itu.
Lanjutnya, kapan Akta Nomor 21 Tahun 2004 dirubah, yakni jika dilihat sesuai aktanya yakni pada tanggal 22 Oktober 2004. Dengan mengikuti perkembangan yang terjadi, apakah DPRD Sikka mengetahui adanya perubahan akta tersebut.
Dikatakan Alfridus Aeng, pada Akta Nomor 05 Tahun 2003, DPRD Sikka mengetahui hal tersebut. Karena dengan akta itu menjadi dasar lahirnya rekomendasi DPRD Sikka dengan keputusannya Nomor 17 Tahun 2003.
